Используется IWDG для защиты от зависания системы. Например ваша программы вылетела в HardFault со всеми вытекающими последствиями , то есть сидит там в бесконечном цикле.
IWDG тактируется от отдельного источника импульсов LSI. Это наш кварц 32KHz , подключенный к RCC_OSC_IN и RCC_OSC_OUT.
Соответственно тактироваться IWDG будет и при выключенном питании контроллера при условии , что на vbat подцеплена батарейка 3.3В.