Файл .cer генерируется в openssl таким образом :
openssl x509 -inform PEM -in leaf.chain.pem -outform DER -out leaf.der.cer
openssl x509 -inform PEM -in leaf.chain.pem -outform PEM -out leaf.pem.cer
leaf.chain.pem - это файл PEM формата , в котором есть открытый ключ, данные серитификата и подпись от родителя (зашифрованный закрытым ключом родителя ХЭШ по данным сертификата).
Внимание ! Дело в том , что выходной файл leaf.*.cer как показано выше получается в двух разных форматах PEM и DER. Это очень прикольно и вызывает много приключений в последствие.
DER - двоичный файл, PEM текстовый в формате base64.