Что бы понять что плата что-то делает святое дело сначала помигать диодом.
Не забываем как это делается от таймера.
Код сгенерированный в CubeMX, дополнительно требует прописать команду начала работы таймера.
HAL_TIM_Base_Start(&htim6);
HAL_TIM_Base_Start_IT(&htim6);
Кстати FreeRtos нарушает этот процесс.