qmake.exe это утилита, которая по содержанию файла pro (и pri) в каталоге генерирует там настроечные Makefile файлы для последующей сборки проекта.
При первоначальной установке Qt SDK 1.2.1 qmake.exe файлы НЕ создаются в директориях bin и qmake каталога QtSources\4.8.1.
qmake.exe после установки располагается только в декстопной части QtSdk примерно здесь: D:\QtSDK1.2.1\Desktop\Qt\4.8.1\msvc2010.
В Qt Creator 2.4.1 можно выбрать сборку проекта на основании любого из этих qmake.exe, а также можно выбрать qmake.exe и из любого другого места, так как их может быть вообще говоря сколько угодно.
qmake.exe хранит в себе переменные настройки (очень своеобразный подход в программировании). То есть переменные прошиты прямо в бинарнике qmake.exe. Их даже можно увидеть через hex редактор.
Также qmake.exe использует глобалные настройки, смотрите Где настраиваются ключи компиляции и сборки.
Таким образом qmake.exe будет работать НЕ относительно каталога, в котором он расположен. То есть если его скопировать из дубликата QtSdk, то он будет строить пути (к каталогу lib собираемых библиотек Qt) НЕ относительно своего каталога расположения, а относительно каталога в котором его создавали(собирали). Это очнь прикольно. Смотрите внимательно на картинке ниже. qmake.exe перенесли из Desktop в QtSources, но qmake.exe все пути строит на Desktop:

Таким образом пока вы не собирете qmake.exe в своих исходниках (QtSources) вы не сможете собирать сами исходники!
Сборка qmake.exe в составе исходников Qt
При сборке qmake.exe из каталога исходников qmake.exe сначала собирается в каталоге /qmake/, а потом в /bin/ каталог помещается копия собранного qmake.exe.
При конфигурировании исходников через утилиту config.exe с ключом -qmake в каталоге исходников /qmake/ собирается утилита qmake.exe. Конфигурирование среды.
Как собрать qmake.exe через config.exe смотрите здесь: сборка qmake.exe через config.exe.
Также ничто не мешает собрать qmake.exe из под Qt Creator, смотрите проект qmake.pro.
Ключи qmake.exe при запуске из командной строки:
Usage: qmake [mode] [options] [files]
QMake has two modes, one mode for generating project files based on
some heuristics, and the other for generating makefiles. Normally you
shouldn't need to specify a mode, as makefile generation is the default
mode for qmake, but you may use this to test qmake on an existing project
Mode:
-project Put qmake into project file generation mode
In this mode qmake interprets files as files to
be built,
defaults to *.c; *.ui; *.y; *.l; *.ts; *.xlf; *.qrc; *.h; *.hpp; *.hh; *.hxx; *.cpp; *.cc; *.cxx
Note: The created .pro file probably will
need to be edited. For example add the QT variable to
specify what modules are required.
-makefile Put qmake into makefile generation mode (default)
In this mode qmake interprets files as project files to
be processed, if skipped qmake will try to find a project
file in your current working directory
Warnings Options:
-Wnone Turn off all warnings; specific ones may be re-enabled by
later -W options
-Wall Turn on all warnings
-Wparser Turn on parser warnings
-Wlogic Turn on logic warnings (on by default)
-Wdeprecated Turn on deprecation warnings (on by default)
Options:
* You can place any variable assignment in options and it will be *
* processed as if it was in [files]. These assignments will be parsed *
* before [files]. *
-o file Write output to file
-d Increase debug level
-t templ Overrides TEMPLATE as templ
-tp prefix Overrides TEMPLATE so that prefix is prefixed into the value
-help This help
-v Version information
-after All variable assignments after this will be
parsed after [files]
-norecursive Don't do a recursive search
-recursive Do a recursive search
-set Set persistent property
-unset Unset persistent property
-query Query persistent property. Show all if is empty.
-cache file Use file as cache [makefile mode only]
-spec spec Use spec as QMAKESPEC [makefile mode only]
-nocache Don't use a cache file [makefile mode only]
-nodepend Don't generate dependencies [makefile mode only]
-nomoc Don't generate moc targets [makefile mode only]
-nopwd Don't look for files in pwd [project mode only]
Будьте острожны со сборкой qmake.exe из исходников: Symbol file could not be found, кривой qmake.exe.