phonon - это мультимедийный движок, который пришел в Qt на смену QSound.
.prf - файл фичи (f) ищется в наборе специальных каталогов, имя файла есть имя фичи с расширением . Эти файлы смотрите в ...\QtSources\4.8.1\mkspecs\features . Файл фичи неявно добавляется в конец .pro файла, подобно include .
CONFIG += create_prl
CONFIG += link_prl
.prl - хранится в каталогах вместе с одноименными файлами библиотек .a (C:\QtSDK1.2.1\Desktop\Qt\4.8.1\mingw\lib). Это набор зависимостей , при которых библиотека (наверное) создавалась. Library Dependencies. Эти файлы создает qmake. То есть это фишка от самого Qt.
pkgconfig - каталог в месте куда собираются библиотеки (см. в qmake.cash : QMAKE_LIBDIR_QT = $$QT_BUILD_TREE/lib).
.pc файлы - (например QtCore.pc) файл в каталоге pkgconfig с информацией от собранной библиотеке (в каталоге на уровень выше). Генерируется qmake.
yacc синтаксический анализатор , extra-compiler for handling files specified in the YACCSOURCES variable.
moc - Meta-Object Compiler - Вот этот препроцессор и является основным нововведением от QT.
nacl - Google Native Client, альтернатива модулю network.
