Базовые ключи, общие для всех проектов настраиваются один раз и далее не изменяются для конкретного тулчейна в каталоге mkspecs конкретной ветки сборки.
Для конкретного тулчейна , например msvc-2010, в каталоге mkspecs находится каталог windows-msvc2010, в котором лежит файл qmake.conf, который и содержит глобальные ключи сборки и линковки.
qmake.conf используется для подготовки сборки всех ваших проектов. Но он используется и для сборки исходников Qt ( если мы говорим о папке QtSources).
Именно в qmake.conf можно указать для релиза ключ статики -MT и для дебага ключ динамики -MDd.
Важно, чтобы исходники и ваши проекты собирались с одинаковыми ключами. Именно поэтому содержание qmake.conf один раз определив не надо изменять.
Смотрите также MT MTd MD MDd ключи компиляции и названия библиотек Qt в зависимости от ключей компиляции.