По нажатию кнопки запустить qmake начинается считывание связанной цепочки pro/pri файлов.
Переменные конфигурации среды можно отслеживать через команду message(...) в pro/pri файлах.
Например при открытии pri или pro файла переменная $$PWD меняет свое значение на каталог расположения данного файла.