Родная для контроллеров Atmega среда разработки Atmel Studio (язык C).
Качаем с оригинала https://www.microchip.com/avr-support/atmel-studio-7 , т.к. впоследствии иногда появляются какие-то проблемы с лицензиями. Программа тяжеловесная.
Родной программатор AVRISP MKII (USB интерфейс, 6 пиновый разъем для подключения к плате). AVRISP MKII шьет по SPI интерфейсу.
в каждом контроллере прописана его модель (Signature)
Фьюзы контроллеров Atmega
при такой картинке
AVRISP MKII нормально определяет Atmega128 на плате ККТ Штрих-ФР-К
Главная проблема отладка
Дешевые программаторы AVRISP MKII не поддерживают отладку для Atmel Studio.
Вроде Atmel JTAG ICE mkII поддерживает отладку , но стоит нереально дорого .
Так вот похоже в чем причина не популярности в последние годы Atmel studio....